Obszar organizacyjny obejmuje standardy usprawniające proces zarządzania szkołą i organizację pracy szkoły w zakresie wsparcia osób z indywidualnymi potrzebami.
Poziom podstawowy - oznacza, że szkoła, dążąc do pełnej i realnej indywidualizacji procesu kształcenia, realizuje przepisy polskiego prawa oświatowego oraz postanowienia Konwencji ONZ o prawach osób niepełnosprawnych (zwanej dalej Konwencją).
Poziom średniozaawansowany - uwzględnia wprowadzenie szeregu dodatkowych rozwiązań, m.in. w zakresie podnoszenia świadomości, umiejętności i kwalifikacji pracowników, wyposażenia, podnoszenia dostępności architektonicznej, a także zastosowania kompleksowych narzędzi w wymiarze organizacyjno-finansowym.
Poziom zaawansowany - obejmuje innowacje, których wdrożenie nie wynika bezpośrednio z obowiązków szkół i organów prowadzących ujętych w przepisach, natomiast w znaczący sposób podnosi jakość edukacji.